Borneo Utara telah memperolehi hak pentadbiran sendiri pada 31 Ogos 1963 di Keningau, ia diikuti dengan transisi penggabungan dengan Persekutuan Malaysia pada 16 September 1963. [7] Malaysia telah wujud dengan rasminya, tanpa Brunei dan Singapura, dua bulan kemudian yakni pada 16 September 1963 dan nama Borneo Utara telah ditukar kepada negara Sabah. Terlebih dahulu dari itu, Borneo Utara telah membentuk negara pentadbiran peralihan bagi bergabung dengan Persekutuan Malaysia. Ini bermaksud bahawa Sabah telah menjadi sebuah negara mahupun merdeka secara hakiki, berikutan. Pada tahun 1965, Singapura keluar daripada Persekutuan Malaysia. Borneo Utara telah memperolehi hak negara pentadbiran sendiri pada 31 Ogos 1963 melalui British di Keningau. Gabenor melantik Donald Aloysius Marmaduke Stephens (Tun Haji Mohammad Fuad Stephens) sebagai Ketua Menteri pertama Negara Sabah.

Hari ini, Borneo Utara berada di bawah penjajahan Malaya dan diturunkan ke status negeri dan dianggap sebagai salah satu negeri yang dimiliki oleh Malaya dan bukan Negara Berdaulat selepas menyertai Tanah Melayu untuk membentuk Persekutuan Malaysia pada tahun 1963. Autonomi Borneo Utara juga terkikis dan 95% produk petroleum North Borneo telah dirompak oleh Malaya sejak tahun 1976. Borneo Utara terpaksa berhutang kepada Malaya untuk membangunkan negara selepas 95% sumber petroleum negara dirompak secara sistematik oleh Malaya. Perjanjian asal dalam Perjanjian Malaysia 1963 (MA63) adalah Borneo Utara dan Malaya adalah rakan kongsi yang setara tetapi ia ditamatkan selepas Malaya secara sistematik menghapuskan hak Borneo Utara untuk menubuhkan sistem pertahanan dan tentera sendiri termasuk autonomi ekonomi, pendidikan, imigresen dan banyak lagi.